ابتدای تشکیل سپاه پاسداران سه گروه به این نام وجود داشت و در ژادگانه‌های مختلف مثل مقر ساواک در سلطنت آباد (پاسداران فعلی) پادگاه قصر فیروزه (اکنون در اختیار نیروی هوایی ارتش قراردارد) و در پادگان لویزان فعال بود که بادستور امام خمینی این سه سپاه در هم ادغام و یکی شدند که مقر اصلی آن به عنوان ستاد مرکزی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در خیابان پاسداران قرار داشت. اولین فرمانده سپاه پاسداران جواد منصوری از اعضای قدیمی حزب ملل اسلامی و گروه حزب الله پیش از انقلاب بود که بعدا از سپاه به وزارت خارجه رفت و اکنون مسئول بخش مطالعات وزارت خارجه‌است. پس از او عباس آقا زمانی مشهور به ابوشریف که او نیز از اعضای حزب ملل و حزب الله بود فرماندهی سپاه را بر عهده گرفت که او هم چندان دوام نیاورد و برای دروس حوزوی مدتی به قم رفت و سپس به عنوان رایزن فرهنگی ایران در پاکستان به آن کشور رفت و پس از آن هم در پاکستان و افغانستان زندگی می‌کرد. پس از او سپاه برای مدتی به شورای فرماندهی سپرده شد. اولین فرمانده سپاه - پس از شورای فرماندهی - مرتضی رضایی می‌باشد- که اکنون جانشین فرمانده کل سپاه است - در آن زمان به همراه افرادی دیگر من جمله محسن رضایی حاج داوود کریمی تشکیلات اطلاعات سپاه را راه اندازی کرده بودند در آن زمان اطلاعات سپاه در غیاب وزارت اطلاعات کنونی تا حدود سال ?? تشکیلات اصلی اطلاعات کشور بود. پس از مدت کوتاهی امام خمینی محسن رضایی ?? ساله را به عنوان اولین فرمانده سپاه پاسداران منصوب کردند (تا قبل از این انتخاب فرمانده سپاه با شورای انقلاب اسلامی بود) سرلشکر محسن رضائی (دبیر کنونی مجمع تشخیص مصلحت نظام) برای مدت ?? سال فرماندهی این نهاد را بر عهده داشت ولی در سال ???? (???? میلادی) از فرماندهی سپاه استعفا کرد و قائم مقام او سرلشگرسید یحیی صفوی مشهوربه رحیم از سوی آیت الله سید علی خامنه‌ای به این سمت منصوب شد. در تاریخ ?? شهریور ماه ???? (? سپتامبر ???? میلادی) دوره مسئولیت ?? ساله وی در فرماندهی سپاه به پایان رسید و آیت الله سید علی خامنه‌ای به جای وی سرتیپ پاسدار محمدعلی جعفری را که از فرماندهان قدیمی سپاه و کسی که به مدت بیش از ?? سال فرماندهی نیروی زمینی سپاه (مهمترین نیروی این سازمان) را تا سال ???? (???? میلادی) به عهده داشت و پس از آن نیز به عنوان اولین فرد ریاست مرکز تحقیقات استراتژیک سپاه تا کنون به عهده داشته‌است را به فرماندهی سپاه پاسداران برگزید و او را از درجه سرتیپی به درجه سرلشگری ارتقا داد. ساختار فرماندهی سپاه به شکلی است که در راس آن فرمانده کل قرار دارد پس از او جانشین یا قائم مقام قرار می‌گیرد و پس از او نیز رئیس ستاد مشترک حائز اهمیت است که به طور مستقیم با فرمانده کل در بالا و با فرماندهان نیروهای پنج گانه در پایین مرتبط است. فرمانده کل سپاه مستقیما توسط رهبری انتخاب می‌گردد و جانشین و فرماندهان ستاد مشترک و نیروها به پیشنهاد فرمانده کل و با تصویب و حکم رهبری انتخاب می‌شوند. دو ساختار دیگر در سپاه به نام‌های حوزه نمایندگی ولی فقیه و سازمان حفاظت اطلاعات وجود دارد که اولی کاملا مستقل از ساختار فرماندهی و مستقیما زیر نظر رهبری قرار دارد و دومی نیز تقریبا مستقل از فرماندهی است و فرمانده آن را رهبری با پیشنهاد فرمانده سپاه انتخاب می‌کند و فرمانده آن مستقیما با دفتر عمومی حفاظت اطلاعات در دفتر رهبری و شخص رهبر مرتبط است و به او گزارش می‌دهد.